L'histoire se déroule dans l'ère Advanced Generation, dans un contexte opposant la race humaine, qui a migré dans des colonies spatiales, aux UE, les "Unknown Ennemies". Flit Asuno est un adolescent qui a perdu sa mère durant la guerre mais avant de mourir, celle-ci lui a confié le AGE Device, un appareil contenant les plans d'un mobile suit surpuissant, le Gundam. A partir de là, Flit a conçu la machine de ses mains pour lutter contre les UE, aux côtés de l'armée fédérale de la colonie Nora. Lorsque les UE attaquent la colonie, Flit monte à bord de la machine pour les combattre...