A la fin de l’an 0079 de l’Universal Century, la Fédération découvre l'existence d’une base desur la colonie Side 6 qui semble avoir pour but de produire un second Gundam. Le duché de Zeon commande l’envoi d’un commando d’élite – l’équipe Cyclope – sur place pour tuer ce projet dans l’œuf. Cependant, l'opération est un échec et un jeune pilote de Zeon, nommé Bernie Wiseman, se replie seul dans une forêt des alentours, avec son Zaku endommagé. Il fait alors la rencontre d'un jeune garçon de onze ans mordu de mobile suit et de technologie.