En 2314, deux années se sont écoulées depuis la défaite des A-Laws, et le retour d'une paix mondiale. Un vaisseau égaré à côté de Jupiter depuis 130 retourne sur Terre et amène avec lui une nouvelle forme de vie, les ELS. Ces derniers commencent à assimiler les formes de vie sur Terre et préparent une invasion beaucoup plus grande de la planète. Le monde entier s'unit contre cette menace qui marquera pour Setsuna son éveil total en tant qu'Innovator. Le plan d'Aeolia Schenberg est sur le point d'atteindre son dénouement...