Plusieurs années ont passé depuis les évènements marquant la fin de la série Code-E. Chinami et ses amis ont créé une organisation nommée OZ. Leur objectif est de réussir à intégrer les personnes possédant les capacités de type-E dans la société. Ce rôle présuppose, entre autre, de tenir tête à une autre organisation appelée la Fondation qui a elle pour but de capturer les personnes de type-E afin de les utiliser.