Yahagi Shōgo est un adolescent désœuvré et coureur de jupons qui, par hasard, entre en possession d'une étrange moto lourdement armée nommée Garland, et qui est de plus recherchée avec acharnement par la police. C'est en tentant de leur échapper que Shōgo tombe sur Bahamut, un ordinateur qui lui apprend la terrible vérité sur le monde qui l'entoure : l'endroit où il vit n'est qu'une réalité virtuelle, une reproduction de Tōkyō stationnant en orbite dans un gigantesque satellite, l'humanité ayant disparu d'une Terre dévastée il y a 500 ans. Et le plus important : l'arme responsable de la désertification de la Terre n'a pas disparu, loin de là.