La civilisation ancienne de Mu a disparu il y a longtemps, et quelques-uns de ses vestiges existent encore sous forme de mythes et légendes appelés UMA (formes de vie non identifiées). Les UMA commencent à fusionner avec les humains afin de rechercher les trésors de Mu, les puissants OOParts, qui leur donneront le pouvoir de faire revivre Mu.

Subaru et War-Rock rencontrent un professeur nommé Docteur Orihime qui les envoie dans une quête pour trouver les OOParts et arrêter les UMA. En utilisant ces artefacts, Rockman est en mesure de prendre de nouvelles formes : Thunder Berserk, Fire Dinosaur et Green Shinobi.