En 20XX, les habitants de Dentech sont connectés grâce aux "Pets" des terminaux personnels à un réseau informatique dans lequel ils évoluent individuellement à travers des "Net Navi".

Chaque Netnavi possède des caractéristiques et des pouvoirs. Megaman est celui de Lan. Ensemble, ils essaient de combattre le Dr Wily et son organisation qui menacent d'anéantir le monde.