L'humanité était menacée de tomber aux mains de l'Empire des Ténèbres, mené par le diabolique Dr. Hell. Aux commandes de Mazinger Z, Koji Kabuto, a su déjouer ces plans machiavéliques et ramener la paix.

C'était il y a dix ans... Désormais éloigné du pilotage, Koji marche dans les pas de son père et est devenu scientifique. Un jour, il découvre une gigantesque structure enfouie profondément sous Mont Fuji, d'où semble provenir une forme de vie...

Nouvelles rencontres, nouvelles menaces, et un nouveau destin attend l'humanité. L'ancien héro doit prendre une décision pour le futur : devenir un dieu ou un démon...