Quelques mois à peine ce sont écoulés depuis les événements de l'affaire Testarossa, Nanoha et Fate, désormais amies, travaillant toutes deux désormais pour le Bureau d'Administration de l'Espace et du Temps, se retrouvent confronté à une nouvelle menace... Cette fois-ci, c'est du Livre des Ténèbres, une puissante relique capable de capturer la puissance des magiciens et dont le réveil serait terrible dont il est question.
Nanoha et Fate se lancent donc avec le Bureau dans une enquête pour empêcher ce désastre mais se heurtent violemment contre les Gardiens du Livre des Ténèbres... Les Wolkenritters...