Nanoha Takamachi, 8 ans, est une écolière studieuse. Un jour, en empruntant un chemin différent pour aller à l'école, elle tombe sur un furet blessé, qui la supplie télépathiquement de le soigner, ce qu'elle fait en l'emmenant chez le vétérinaire. Mais le cabinet du vétérinaire est attaqué par une créature informe qui cherche à tuer le furet. Réveillée instinctivement, Nanoha se rend là-bas et rencontre le furet qui lui fait part d'une situation incroyable : il s'appelle Yûno Scrya et vient d'un autre monde pour récupérer les Jewel Seeds, des pierres magiques dangereuses éparpillées en ville. Yûno demande alors à Nanoha de combattre à sa place en utilisant le Raising Heart, une arme intelligente spécialement conçue pour sceller les Jewel Seeds.