Madlax, agent secret. Pas de nom, pas de passé, juste une réputation de tueuse redoutée de tous. Elle exécute des missions spéciales données par un certain SSS sur les terres d'un pays nommé Gazth-Sonika, ravagé et rongé par la guerre civile depuis 12 ans.

Margaret Burton, une lycéenne issue du milieu aristocratique vit sous la garde de sa gouvernante

Eléanor semble souffrir d'une profonde amnésie, suite à la mort de ses parents dans un accident d'avion auquel elle a échappé miraculeusement. Malgré ce qui les oppose, ces deux femmes sont étrangement liées. En effet, après l'accident d'avion Margaret ne pouvait plus prononcer qu'un seul mot : Madlax...