Après un accident, Shiki Tohno se réveille dans une salle d'hôpital avec la capacité de voir des lignes invisibles. En les tranchants, il est possible de détruire n'importe quoi... ou n'importe qui.

Tout en gardant secrète sa vision surnaturelle, le jeune homme poursuit sa routine. Cependant, cette paix est de courte durée lorsqu'il rencontre une mystérieuse femme aux yeux rouge. Pris d'une folie soudaine, il tue la femme et s'évanouit... Mais le lendemain, la femme réapparait et se présente comme Arcueid Brunestud, une princesse vampire.

Décidant de faire équipe, Shiki et Arcueid se lancent dans un voyage pour découvrir la vérité derrière leur lignée et la récente série de meurtres dans la ville.