Momo est une jeune fille de 11 ans timide et pleine d’imagination. Son père vient de mourir, laissant derrière lui un grand vide, ainsi qu’une lettre inachevée contenant seulement deux mots : « Chère Momo... ». Que voulait-il vraiment lui dire ? Momo part s’installer avec sa mère sur la petite île de Shio, loin de Tokyo et de la maison dans laquelle elle a grandi. Hostile à ce nouvel environnement, l’adolescente a du mal à s’intégrer et se renferme. Peu à peu, des événements étranges se produisent sur l’île, d’ordinaire paisible. Les vergers sont mis à sac, et les effets personnels des habitants disparaissent. Momo découvre alors l’origine de ces perturbations dans le grenier de la maison...