À la vue de changements climatiques soudains, Ken Kitazawa se voit dans l'obligation d'utiliser l'agent chimique Z, un nouveau procédé de l'agent chimique X, afin de détruire un glacier géant.

Malheureusement, des rayons Z blancs et des rayons Z noirs s'échappèrent et s'éparpillèrent dans le ciel. C'est ainsi que trois fillettes ordinaires devinrent les Supers Nanas Zeta tandis que les rayons noirs donnèrent naissance à des êtres aux pouvoirs maléfiques.

Grâce à leurs nouveaux pouvoirs Belle, Bulle et Rebelle devront désormais régner l'ordre et la justice envers l'humanité.