Barcelone, 1532. Esteban, 12 ans, apprend qu'il est un enfant trouvé en mer par un certain Mendoza. A la suite de la mort du père Rodriguez, son tuteur, il décide de partir à la recherche de ses origines. Sur sa route il rencontrera Zia, une jeune Inca arrachée à son peuple par les Espagnols, qui sait déchiffrer les quipus et qui porte le même médaillon que lui. Puis Tao, un indigène des îles Galapagos, descendant de l'Empire de Mû. Ensemble, ils vont partir à la découverte des mystérieuses Cités d'Or...