Tôkyô, de nos jours. Shû est un adolescent tout ce qu'il y a de plus ordinaire, à la fois renfermé et nanti d'un optimisme à toute épreuve. Son caractère parfois solitaire le conduit régulièrement à escalader la cheminée d'une vieille usine désaffectée afin d'observer la ville. C'est à cet endroit précis que sa vie va basculer. Lors d'une de ces escapades, il fait la connaissance d'une jeune fille mystérieuse, au regard profond comme l'océan, semblant fixer avec insistance le soleil. D'étranges machines font soudain leur apparition, s'emparent de la jeune fille et s'enfuient en ouvrant une faille temporelle dans laquelle le malheureux Shû est également englouti. Le voyage ne fait que commencer pour lui...