La Brigade SOS, menée par Haruhi Suzumiya, décide d'organiser une fête pour Noël. Mais le lendemain, Kyon se rend compte que quelque chose a changé : Haruhi est introuvable, tout comme Itsuki; Mikuru ne le reconnait plus et Yuki est devenue normale !

Il est le seul à se rendre compte de ces étranges évènements tandis que l'unique indice en sa possession est un marque-page. Le jeune homme va donc devoir mener une lutte contre le temps et l'espace afin d'élucider le mystère, en espérant que les choses retournent à la normale.