Après avoir vu le système solaire détruit par les extraterrestres appelés Gauna il y a mille ans de cela, les rescapés furent contraints à l'exil dans les vastes confins de l'univers à la recherche d'une nouvelle planète habitable.

Ce film est un récapitulatif de la première saison de Knights of Sidonia qui contient des scènes supplémentaires et des effets sonores améliorés.