Près de vingt ans après être entré dans le XXIe siècle, les gens ont complètement oublié l'existence des yôkai, ces créatures fantastiques issues du folklore japonais. Quand plusieurs phénomènes inexpliqués sèment le désordre dans ce monde moderne, Mana, 13 ans, écrit une lettre destinée au monde des yôkai. Elle est reçue par un certain Kitarô…

Le film fait suite à l'anime GeGeGe no Kitaro de 2018.