Japon - Période Edo.

Kamui est un ninja qui a quitté son clan pour mener sa vie comme il l'entend. Mais on ne quitte pas si facilement une fratrie, et ses anciens compagnons d'armes, le considérant comme un traître, décident de le pourchasser. Parcourant le Japon tel un vagabond, il fait preuve de beaucoup d'intelligence pour déjouer les pièges meurtriers. Malheureusement, la liberté salvatrice du début laisse place à la paranoïa. Petit à petit, le jeune déserteur commence à avoir l'impression que tout le monde veut sa peau...