Yui Kusanagi est une jeune lycéenne dont les parents habitent un sanctuaire shintoïste. Un jour, elle se retrouve enrôlée dans une école pour dieux créée par le tout-puissant Zeus. Son but est d’éduquer les dieux pour renforcer le contact entre le monde des humains et celui des dieux, afin de repousser le mal. Yui devra enseigner ce qu’est l’humanité et l’amour à de beaux dieux en mal de rapports avec les humains.