Les jeunes filles du monde entier rêvent d'intégrer l'IS Academy pour devenir pilotes d'Infinite Stratos. Pourtant, cette année, c'est Ichika qui est sélectionné. Alors que les hommes ne sont pas supposés pouvoir manier ces exosquelettes, le nouvel élève semble capable de réaliser l'exploit. Une nouvelle année commence dans l'établissement d'élite, exclusivement féminin jusque-là.