Au Mont Akina, les courses entre pilotes chevronnés ne cessent de se dérouler tous les week-ends. Mais l’équipe locale des Speedstars semble dépassée par l’arrivée massive de stars du volant. Devant l’impossibilité de relever un défi qui leur est proposé, une seule solution apparaît : croire en la légende urbaine selon laquelle un mystérieux pilote local dévale la montagne à toute allure. Personne n’irait soupçonner Takumi Fujiwara, un lycéen de dix-huit ans assez rêveur et ne connaissant rien aux voitures, d'être ce génie du volant. Le jeune homme ne fait que livrer le tofu familial dans la région... Par conséquent, il connaît les routes du coin par cœur et les aborde au volant de sa Trueno 86, une vieille voiture encore performante, à une vitesse hallucinante.

Initial D Prelude to Project D retrace toutes les aventures de Takumi, de sa première course contre Keisuke du 1rst stage jusqu'a celle contre Kai Kogashiwa du 3rd stage.