Alors que chacun semble être retourné à sa vie, Ken apparait brusquement devant Emi, avant de l'entrainer dans un autre monde. Cette nouvelle dimension, très similaire à celle dont est originaire le héros, présente une irrégularité flagrante qui met en péril l'équilibre cosmique.

Le groupe, qui s'est reformé cherche à comprendre l'origine du problème. Mais ils ont à peine commencé leur enquête qu'ils sont confrontés au docteur Nambu. Mais dans ce monde, Gatchaman n'existe plus, le docteur l'a éliminé de ses propres mains.

Comment Ken va-t-il réagir face à cette information ? Et quel sera sa réaction face à Joe, témoin du drame, qui ne rêve que de vengeance ?