À Kyoto, dans une boutique d'antiquités du quartier commerçant de Teramachi Sanjô, la jeune Aoi Mashiro rencontre Kiyotaka Yagashira, fils du propriétaire du magasin où elle finit par travailler à temps partiel. Kiyotaka est surnommé le « Holmes de Kyoto » ! Avec Aoi, il résolvent des énigmes et les affaires bizarres que leur soumettent certains clients.