Noriko Takaya est une jeune fille qui souhaite suivre la même carrière que son père, le célèbre Amiral Yuzo Takaya. Pour cela, elle va devoir apprendre à maitriser le pilotage d'un robot Gunbuster, avec l'aide de son Coach Ota et ses amies Kazumi et Jung.

Loin dans l'espace, une importante menace extraterrestre se rapproche inexorablement de la Terre.