Dans le sud du Japon se trouve une étrange île en forme de banane. Nommée Banana Island, elle cultive depuis longtemps de délicieux fruits. Malheureusement, les températures extrêmes causée par Baikinmai, commencent à les faire pourir.

Anpanman arrive alors à Banana Island pour combattre le vilain et redonner espoir aux habitants !