De mystérieuses créatures volantes appelées Zai ont subitement apparu, surpassant n'importe quelle force de combat aérienne. Pour affronter ces extraterrestres, l'humanité a transformé ses machines volantes afin de créer des soldats mécaniques appelés « Daughters », pilotés par des « Anima », des automates à forme humaine.

Kei Narutani, un garçon prêt à prendre son envol, rencontre un avion rouge vif et son pilote, un anima nommé Gripen présenté comme le salut de l'humanité.