Le monde entier est tissé de réseaux électroniques. Une force spéciale d’intervention, la Section 9, a été mise en place par le Ministère de l’Intérieur pour traquer la cybercriminalité. Elle est dirigée par le Major Motoko Kusanagi, dont le corps est entièrement cybernétisé. La Section 9 enquête sur les agissements d’un hacker de génie dénommé “ le Rieur ”. Considéré comme un dangereux criminel du fait de ses exactions et de ses hacks de cyber-cerveaux, il semble cependant être animé par une noble cause... Sur la piste du Rieur, la Section 9 va alors plonger dans un vaste complot médico-politique.