Après deux guerres de grande ampleur, près de 3 millions de réfugiés vivent au Japon. Au fur et à mesure de la reconstruction du pays, les réfugiés sont progressivement parqués dans des ghettos. Le groupe des “Onze Individuels” s’engage dans une lutte armée pour leur libération, mais leurs actions heurtent l’opinion publique japonaise. Le Major Kusanagi et son équipe sont alors contactés par le non moins mystérieux qu’effrayant Kazundo Goda, un agent de l’ombre très influent au gouvernement. Si au premier abord, Kazundo Goda missionne la Section 9 pour contrer les attentats terroristes des “Onze Individuels”, son rôle dans cet état d’urgence n’est vraiment pas clair…