Après la disparition du Major Motoko Kusanagi, Batou, récemment devenue partenaire avec Togusa, est assigné à investiguer sur une récente série de meurtres. Depuis quelques temps, des prototypes androïdes servant à assouvir les désirs sexuels massacrent leurs acquéreurs avant de s'autodétruire. Durant son investigation, un mystérieux hacker interfère en s'attaquant à son cerveaux depuis le réseau...