Le Genshiken est un club universitaire dans lequel se retrouvent des passionnés de la culture « otaku » pour discuter de jeux vidéos, animés, mangas, etc. Alors qu'une nouvelle année universitaire débute, sa nouvelle présidente tente de gérer ses membres : l'ancienne présidente du club férue de cosplay, un trio fan de BL – dont un garçon qui se travestit pour mieux vivre sa passion – et deux otakus excentriques...