C'est le début d'une nouvelle année scolaire ! Le Genshiken va devoir recruter des nouveaux venus. Mais les membres se font peu d'illusion, à cause du caractère de Saki qui veut tout faire pour empêcher leur cercle d'otakus de s'agrandir... Pourtant, deux nouvelles têtes vont rejoindre le club : le loufoque Kuchiki, et l'étrange Ogiue qui affirme détester les otakus...