2066, un petit pays se sépare des Nations Unies et les membres de l'Organisation de Science Internationale disparaissent mystérieusement sans laisser de trace. Le scientifique renommé Kouzaburou Nanbu se rend compte que l'organisation secrète connue sous le nom de "Gallactor" cherche à conquérir le monde.

Pour contrer ce groupe terroriste, il prépare une arme suprême : cinq héros courageux de l'équipe de ninjas scientifiques : Gatchaman.