Plusieurs années ont passé depuis les événements de Gall Force : Eternal Story : une survivante du Star Leaf dérivant dans l'espace, en hibernation, est récupérée par un croiseur solnoïd dont l'équipage lui apprend que leur armée a enfin anéanti le monde-mère des paranoïds.

Désormais aux abois, ces derniers rassemblent toutes leurs forces vers le dernier avant-poste de leurs ennemis, le 9ème Système, précisément là où se déroula jadis la bataille de Chaos. Une autre Gall Force s'organise alors pour préserver la nouvelle forme de vie née sur Chaos. Le Plan d'Unification des Espèces, seul moyen d'assurer la survie des deux civilisations, voit maintenant son existence menacée par la gigantesque bataille qui s'annonce..