Deux ans se sont écoulés après qu'Edward Elric ait traversé la porte. Celui-ci a maintenant 18 ans et travaille à Munich après la première guerre mondiale avec un jeune homme ressemblant trait pour trait à son jeune frère Alphonse. Edward étudie la fuséologie dans le but de retourner chez lui et de retrouver son frère. De son côté Alphonse travaille son alchimie pour tenter lui aussi de retrouver son frère.