L’alchimie est une science mythique qui permet aux alchimistes de décomposer et recomposer la matière, respectant ainsi le principe « d’échange équivalent ». Il existe toutefois un interdit ne pouvant être enfreint : la transmutation humaine. Souhaitant ressusciter leur mère emportée par la maladie, les frères Elric transgressent ce tabou, mais le prix à payer est lourd de conséquences : Alphonse perd son corps, tandis qu’Edward perd sa jambe et sacrifie son bras pour sceller l’âme de son frère dans une armure. Pour retrouver ce qui leur a été pris, ils entreprennent une quête périlleuse à la recherche de la pierre philosophale, qui permettrait à son possesseur d’accomplir des miracles.