Au 25ème siècle, le Seigneur des Ténèbres a corrompu le passé grâce à un appareil temporel qui lui a permis de modifier les évènements historiques au delà de l'imaginable. Flint et son père vivent dans la préhistoire lorsqu'ils sont transformés en fossiles. Beaucoup plus tard, ils sont découverts et Flint recouvre son état normal. Avec l'aide de son père, de Tony et de Sara, il va voyager dans le temps pour ramener l'appareil temporel à son emplacement originel et sauver l'Histoire.