Deux créatures divines, Léviathan et Bahamut, mènent un combat acharné dans le ciel de Tokyo. L'intensité de leur lutte donna naissance à un pilier obscur qui inspira peur et de confusion auprès de la population. Les scientifiques chargés d'étudier le phénomène, Joe et Marie Hayakawa, disparurent. Douze ans plus tard, leurs enfants décident de partir à le recherche, avec pour seul indice une rumeur donnant le moyen d'atteindre le pilier et d'accéder au Monde intérieur.