En 2065, la plus grande confusion règne sur notre planète. Seuls les plus résistants des humains vivent encore dans un univers de désolation dominé par l'ennemi absolu : de mystérieux fantômes qui se nourrissent en extrayant l'énergie de toute forme de vie terrestre. Le futur de notre espèce repose sur le courage et la volonté de quelques-uns. Déjouant les complots, évitant les pièges, ils doivent reconquérir la Terre en usant de toutes les magies.
Deux clans s'opposent sur la manière la plus efficace d'éliminer les spectres : les premiers, commandés par un général belliqueux, souhaitent utiliser une arme de destruction totale ; les autres, conduits par le docteur Aki Ross, s'engagent dans une voie difficile : la reconstitution d'un rythme spirituel qui devrait chasser les fantômes et protéger les êtres vivants. L'aventure est risquée, mais ils n'ont plus rien à perdre.