A sa mort Kiritsugu Emiya a laissé à son fils le devoir de sauver l'humanité à sa place. Le monde dépérit et le temps presse, mais lorsque le salut recherché se fait au détriment de sa seule famille restante, sa soeur cadette, Shirou aura-t-il encore le cœur de poursuivre sa quête ?

Le jeune homme est maintenant obligé de choisir entre devenir un héros au service de la justice, ou incarné le mal que son idéal s'est juré de vaincre. Il est de nouveau seul, mais son corps est toujours fait d'épées. La Cinquième Guerre du Saint Graal commence désormais avec son serment sous la neige.