Dix ans après la fin de la « Grande Unification », qui a amené les habitants du monde virtuel du Scub Coral dans le monde réel, la population du monde est désormais divisée entre la Terre verte, les gens du monde du Scub Coral, et la Terre bleue, les gens du monde réel. Leur coexistence est loin d’être pacifique, de nombreux conflits se déroulant en coulisses. Dewey Novak, le chef militaire de la Terre Verte, décide de mener des attaques terroristes pour se protéger.

Eureka, détestée par le monde entier en tant que symbole et origine de la division du monde, travaille désormais en tant qu’agent militaire de haut niveau au sein de l’agence d’opérations secrètes de l’ONU, A.C.I.D., luttant toujours pour protéger une paix fragile comme une forme d’expiation. Sa mission spéciale consiste à protéger Iris, une « nouvelle Eureka », née comme elle du Scub Coral et dotée de son ancienne capacité à le manipuler. Bien qu'au début elles sont souvent en conflit, elles apprennent à comprendre la solitude de l’autre. Eureka devra repousser ses limites pour protéger Iris et le monde.