Le jeune Makoto Mizuhara, banal étudiant sans histoire, se voit entrainé par son rival Katsuhiko Jinnai dans les vestiges archéologiques enfouis sous son lycée. Il y découvre une magnifique femme, Ifurita. En la réveillant, il se retrouve projeté en compagnie de Katsuhiko, de sa sœur Nanami et de son professeur, Monsieur Fujisawa dans un monde inconnu. Celui d'El Hazard.