Après avoir secouru Connor, nos héros continuent d’explorer la galaxie à la recherche de Mother, la déesse de l’univers. Malheureusement, ils se retrouvent aux prises avec Drakkhen Joe, l’Alchimiste des Ténèbres, déterminé à s’emparer de l’Edens Zero. Afin de contrer leur ennemi, Shiki, Rebecca et Happy décident de mener une infiltration de grande envergure au sein du cuirassé de leur adversaire. De terribles affrontements sont sur le point d’éclater…