Un jour, Nobita fait la découverte d'une petite fusée de laquelle un être minuscule nommé Papi émerge. Venant de la planète Pirika, il est venu sur Terre pour échapper l'armée maléfique anti-Ran-ran. D'abord déconcerté par la petite taille de Papi, Doraemon et ses amis vont utiliser un gadget rétrécissant afin de pouvoir s'amuser avec lui !

Pendant ce temps, le vaisseau en forme de baleine qui pourchasse l'extraterrestre arrive sur Terre et va attaquer le Japon. Doraemon et ses amis n'ont pas le choix : ils doivent se rendre sur Pirika pour sauver cette planète, la Terre, et protéger leur nouvel ami.

Ce film est un remake du 6eme film de la franchise Doraemon : Nobita no Little Star Wars, sorti en 1985.