Takato Matasuki est passionné par les Digimon, un phénomène qui s'étend aux gadgets électroniques et aux jeux de cartes. Alors qu'il est en retard en cours, il trouve une étrange carte qui réagit avec son Digivice. L'engin absorbe alors le dessin du Digimon créé par Takato et donne naissance à Guilmon. Le héros devient alors un "Tamer", un dompteur de Digimon, et va rapidement se rendre compte qu'il n'est pas le seul dans ce cas. Au même moment, une créature du nom de Calumon arrive dans le monde réel. Ce sera le début d'importantes batailles, surveillées par une étrange organisation qui a connaissance de l'existence des Digimon.