Au cours des dernières années, une technologie innovante, « les hologrammes », a émergé et déchaîne les passions sur les réseaux sociaux. En effet, nombreux sont ceux qui assurent avoir eu affaire à d’étranges phénomènes paranormaux, qui seraient dus à des « fantômes holographiques ». Hiro Amanokawa, élève du collège de l'Académie Hazakura, pense que ces observations ne sont qu'une légende urbaine. Cependant, alors que les incidents commencent à devenir de plus en plus fréquents, Hiro fait la découverte d’un mystérieux artéfact laissé par son père : une « digivice », lui permettant de faire la rencontre de Gammamon, un digimon espiègle. Accompagné de son ami, Kiyoshirô Higashimitarai, Hiro décide de mener l’enquête, sans savoir que celle-ci sera la première étape vers la découverte d'un monde dangereux jusqu'alors inconnu de l'humanité.