Taiki Kudo est un garçon en classe de cinquième qui vient en aide à ceux qui le demande. Un jour, quand les réseaux digitaux se sont mis à dérailler, il entendit la voix d'un Digimon sur le point de mourir.

Cherchant à l'aider, Taiki obtient un digivice connu sous le nom d'Xros Loader' et se retrouve transporter dans le digimon avec ses amis Akari Hinomoto et Zenjirou Tsurugi.