Masaru, adolescent intrépide de 14 ans, est coutumier des combats de rue, qu’il a toujours remportés jusqu’à présent. Il fait alors la rencontre d’Agumon, un Digimon, qui vient de s’échapper de la DATS (Digital Accident Tactics Squad), qui s’occupe de ces créatures et enquête sur les phénomènes numériques. Les deux amis vont alors faire équipe et, avec l’aide de Yoshino, Thoma et Ikuto, vont tenter d’endiguer le phénomène d’arrivée massif de tous Digimon maléfiques sur Terre.