Des années après leur dernière bataille, les Enfants-Elus ont repris leur quotidien, ils sont désormais lycéens tandis que Jô est à la fac. Mais une nouvelle menace par les pousser à revenir sur le champ de bataille : des distorsions apparaissent dans le monde réel et permettent à des digimon, rendus maléfiques par un virus, de tout détruire sur leur passage. Alors, les Enfants-Elus retrouvent leurs compagnons Digimon et se lancent de nouveau dans le combat, découvrant par ailleurs une neuvième alliée : Meiko et Meicoomon. Mais quelle est l’origine de ce nouveau fléau ?